将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
演员：Holly Denoon ... Tombliboo Ooo Justyn Towler ... Makka Pakka Rebecca Hyland ... Upsy Daisy
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演员：金妮弗·古德温 杰森·贝特曼 伊德里斯·艾尔巴 珍妮·斯蕾特 内特·托伦斯 邦尼·亨特 唐·雷克 汤米·钟 J·K·西蒙斯 奥克塔维亚·斯宾瑟 艾伦·图代克 夏奇拉 雷蒙德·S·佩尔西 德拉·萨巴 莫里斯·拉马奇 菲尔·约翰斯顿 约翰·迪·马吉欧 凯蒂·洛斯 吉塔·雷迪 杰西·科尔蒂 汤米·利斯特 乔希·达拉斯 瑞奇·摩尔 凯斯·索西 彼得·曼斯布里奇 拜伦·霍华德 杰拉德·布什 马克·史密斯 乔西·特立尼达 约翰·拉维尔 克里斯汀·贝尔 吉尔·科德斯 梅利莎·古德温
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